Chapter 5 Community composition

load("data/data.Rdata")

5.1 Taxonomy overview

Mean percentage of Bacteria and Archaea in the samples

domain_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS normalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>%
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>%
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>%
  group_by(sample,domain) %>%
  summarise(relabun=sum(count))

domain_summary %>%
    group_by(domain) %>%
    summarise(mean=mean(relabun, na.rm=T)*100,sd=sd(relabun, na.rm=T)*100) %>%
    arrange(-mean) %>%
    tt()
tinytable_plryz9le47mjhq9ly36n
domain mean sd
d__Bacteria 99.5141306 1.71795
d__Archaea 0.4858694 1.71795
#ggsave("figures/mtcars.png", width = 10, height = 6)
genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS normalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(., genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  left_join(., sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  filter(count > 0) %>% #filter 0 counts
#  filter(!region %in% c("Eskoriatza","Villabona")) %>% 
  mutate(season=factor(season,levels=c("spring","autumn"))) %>% 
  ggplot(., aes(x=sample,y=count, fill=phylum, group=phylum)) + #grouping enables keeping the same sorting of taxonomic units
    geom_bar(stat="identity", colour="white", linewidth=0.1, show.legend = FALSE) + #plot stacked bars with white borders
    scale_fill_manual(values=phylum_colors) +
    facet_nested(. ~ type + region+season,  scales="free") + #facet per day and treatment
    guides(fill = guide_legend(ncol = 2)) +
    theme(axis.text.x = element_blank(),
          axis.ticks.x = element_blank(),
          axis.title.x = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          axis.line = element_line(linewidth = 0.5, linetype = "solid", colour = "black"),
          panel.border = element_rect(colour = "black", fill = NA),
          strip.background = element_rect(fill = "white", color = "black"),
          strip.text = element_text(size = 8, lineheight = 0.6)) +
   labs(fill="Phylum",y = "Relative abundance",x="Samples")

Number of bacteria phyla

[1] 27

Bacteria phyla in natural ponds

                                phylum
EHA02325_bin.10         p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13      p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.39        p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18   p__Verrucomicrobiota
EHA02330_bin.9      p__Cyanobacteriota
EHA02331_bin.2            p__Bacillota
EHA02336_bin.41         p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7     p__Desulfobacterota
EHA02341_bin.14       p__Spirochaetota
EHA02343_bin.12     p__Acidobacteriota
EHA02355_bin.3          p__Bacillota_B
EHA02388_bin.85    p__Deferribacterota
EHA02392_bin.43       p__Chloroflexota
EHA02398_bin.48      p__Fusobacteriota
EHA02398_bin.53    p__Campylobacterota
EHA04294_bin.16  p__Desulfobacterota_F
EHA04302_bin.12     p__Patescibacteria
EHA04302_bin.18                p__J088
EHA04321_bin.47     p__Planctomycetota
EHA04321_bin.50        p__Omnitrophota
EHA04321_bin.55         p__Chlamydiota
EHA04321_bin.69      p__Actinomycetota
EHA04337_bin.58  p__Desulfobacterota_G
EHA04343_bin.186                   p__

Bacteria phyla in protected ponds

                              phylum
EHA02325_bin.10       p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13    p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.19      p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18 p__Verrucomicrobiota
EHA02330_bin.9    p__Cyanobacteriota
EHA02331_bin.2          p__Bacillota
EHA02336_bin.41       p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7   p__Desulfobacterota
EHA02355_bin.3        p__Bacillota_B
EHA02374_bin.97    p__Fusobacteriota
EHA02388_bin.64     p__Chloroflexota
EHA02388_bin.85  p__Deferribacterota
EHA04305_bin.59     p__Spirochaetota
EHA04352_bin.62  p__Campylobacterota

Bacteria phyla in urban ponds

                                phylum
EHA02325_bin.10         p__Bacillota_A
EHA02325_bin.13      p__Pseudomonadota
EHA02325_bin.39        p__Bacteroidota
EHA02329_bin.18   p__Verrucomicrobiota
EHA02331_bin.2            p__Bacillota
EHA02336_bin.41         p__Bacillota_C
EHA02338_bin.7     p__Desulfobacterota
EHA02340_bin.1      p__Cyanobacteriota
EHA02341_bin.14       p__Spirochaetota
EHA02341_bin.28      p__Fusobacteriota
EHA02355_bin.3          p__Bacillota_B
EHA02378_bin.75    p__Deferribacterota
EHA02398_bin.53    p__Campylobacterota
EHA04304_bin.13            p__JAKLEM01
EHA04304_bin.1      p__Patescibacteria
EHA04304_bin.21       p__Chloroflexota
EHA04321_bin.69      p__Actinomycetota
EHA04337_bin.116    p__Acidobacteriota
EHA04337_bin.35      p__Fibrobacterota
EHA04337_bin.58  p__Desulfobacterota_G
EHA04337_bin.88         p__Myxococcota
EHA04343_bin.186                   p__

Number of Archaea phyla

[1] 5

Archaea phyla in natural ponds

                               phylum
EHA02392_bin.10  p__Methanobacteriota
EHA04302_bin.11      p__Nanoarchaeota
EHA04304_bin.19     p__Halobacteriota
EHA04321_bin.111     p__Iainarchaeota
EHA04343_bin.4      p__Thermoproteota

Archaea phyla in protected ponds

                            phylum
EHA04312_bin.192 p__Halobacteriota
EHA04352_bin.100 p__Thermoproteota

Archaea phyla in urban ponds

                              phylum
EHA02392_bin.10 p__Methanobacteriota
EHA04304_bin.19    p__Halobacteriota

5.2 Phylum relative abundances

phylum_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>%
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>%
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>%
  group_by(sample,phylum,type, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count))
phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(phylum,total) %>% 
    tt()
tinytable_anx4pbv3l3elxsx5t787
phylum total
p__Bacteroidota 53.53±20.47
p__Bacillota_A 15.07±11.48
p__Pseudomonadota 13.1±18.44
p__Bacillota 5.62±7.54
p__Verrucomicrobiota 4.16±5.07
p__Desulfobacterota 2.11±2.92
p__Cyanobacteriota 1.4±6.77
p__Chloroflexota 1.04±3.88
p__Fusobacteriota 0.52±1.23
p__Myxococcota 0.5±4.84
p__Bacillota_C 0.47±0.77
p__Patescibacteria 0.37±1.58
p__Acidobacteriota 0.34±1.44
p__Deferribacterota 0.31±0.9
p__Bacillota_B 0.24±0.36
p__Desulfobacterota_F 0.23±1.04
p__Halobacteriota 0.21±1.41
p__Planctomycetota 0.17±1.16
p__Thermoproteota 0.15±0.55
p__Nanoarchaeota 0.07±0.65
p__Spirochaetota 0.07±0.31
p__Campylobacterota 0.06±0.3
p__Methanobacteriota 0.04±0.28
p__Actinomycetota 0.04±0.2
p__Fibrobacterota 0.04±0.35
p__ 0.04±0.29
p__Chlamydiota 0.03±0.14
p__Desulfobacterota_G 0.03±0.2
p__J088 0.02±0.11
p__Iainarchaeota 0.01±0.1
p__JAKLEM01 0.01±0.11
p__Omnitrophota 0.01±0.05
phylum_arrange <- phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>%
    summarise(mean=mean(relabun)) %>%
    arrange(-mean) %>%
    dplyr::select(phylum) %>%
    pull()

phylum_summary %>%
    filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
    mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors[rev(phylum_arrange)]) +
        geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
        theme_minimal() + 
        theme(legend.position="none") +
        labs(y="Phylum",x="Relative abundance")

5.2.1 Per pond

phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(phylum,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_u2r87h8sk3jxgx7nxzl4
phylum total natural protected urban
p__Bacteroidota 53.53±20.47 50.72±21.6 57.47±21.28 53.47±17.18
p__Bacillota_A 15.07±11.48 11.93±9.38 19.02±15.51 15.52±6.64
p__Pseudomonadota 13.1±18.44 15.4±21.12 11.62±18.14 10.95±13.43
p__Bacillota 5.62±7.54 7.41±9.62 3.76±4.74 4.85±5.6
p__Verrucomicrobiota 4.16±5.07 5.14±5.61 3.09±4.44 3.82±4.69
p__Desulfobacterota 2.11±2.92 1.51±1.68 1.51±1.92 3.91±4.59
p__Cyanobacteriota 1.4±6.77 2.03±9.69 1.08±4.04 0.69±0.83
p__Chloroflexota 1.04±3.88 1.23±2.97 0.69±3.69 1.13±5.38
p__Fusobacteriota 0.52±1.23 0.26±0.51 0.45±1.36 1.05±1.74
p__Myxococcota 0.5±4.84 0±0 0±0 2.02±9.68
p__Bacillota_C 0.47±0.77 0.39±0.72 0.71±1.04 0.31±0.27
p__Patescibacteria 0.37±1.58 0.81±2.31 0±0 0.1±0.46
p__Acidobacteriota 0.34±1.44 0.58±2 0±0 0.33±1.11
p__Deferribacterota 0.31±0.9 0.52±1.33 0.12±0.21 0.17±0.24
p__Bacillota_B 0.24±0.36 0.08±0.22 0.32±0.31 0.43±0.48
p__Desulfobacterota_F 0.23±1.04 0.53±1.54 0±0 0±0
p__Halobacteriota 0.21±1.41 0.09±0.27 0.04±0.18 0.62±2.8
p__Planctomycetota 0.17±1.16 0.39±1.75 0±0 0±0
p__Thermoproteota 0.15±0.55 0.28±0.78 0.1±0.29 0±0
p__Nanoarchaeota 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
p__Spirochaetota 0.07±0.31 0.02±0.07 0.02±0.09 0.24±0.59
p__Campylobacterota 0.06±0.3 0.1±0.43 0.01±0.03 0.07±0.22
p__Methanobacteriota 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
p__Actinomycetota 0.04±0.2 0.08±0.3 0±0 0.01±0.02
p__Fibrobacterota 0.04±0.35 0±0 0±0 0.14±0.69
p__ 0.04±0.29 0.07±0.44 0±0 0.02±0.09
p__Chlamydiota 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
p__Desulfobacterota_G 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
p__J088 0.02±0.11 0.05±0.17 0±0 0±0
p__Iainarchaeota 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
p__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0±0 0.05±0.22
p__Omnitrophota 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
phylum_summary %>%
  filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
  mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
  geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
  facet_grid(.~type)+
  theme_minimal() + 
  labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.2.2 Per season

phylum_summary %>%
    group_by(phylum) %>% 
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(phylum,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_tljtsbu77nrxamh7bh5a
phylum total spring autumn
p__Bacteroidota 53.53±20.47 49.04±16.42 55.93±22.09
p__Bacillota_A 15.07±11.48 17.89±9.58 13.56±12.18
p__Pseudomonadota 13.1±18.44 15.38±16.87 11.89±19.25
p__Bacillota 5.62±7.54 5.54±5.29 5.66±8.54
p__Verrucomicrobiota 4.16±5.07 5.09±5.05 3.67±5.05
p__Desulfobacterota 2.11±2.92 2.64±2.09 1.83±3.26
p__Cyanobacteriota 1.4±6.77 1.34±3.83 1.43±7.93
p__Chloroflexota 1.04±3.88 1.11±4.11 1±3.78
p__Fusobacteriota 0.52±1.23 0.31±0.53 0.62±1.47
p__Myxococcota 0.5±4.84 0±0 0.77±6
p__Bacillota_C 0.47±0.77 0.43±0.77 0.49±0.78
p__Patescibacteria 0.37±1.58 0±0 0.57±1.93
p__Acidobacteriota 0.34±1.44 0.39±1.58 0.31±1.37
p__Deferribacterota 0.31±0.9 0.21±0.23 0.36±1.11
p__Bacillota_B 0.24±0.36 0.29±0.34 0.22±0.37
p__Desulfobacterota_F 0.23±1.04 0.08±0.37 0.31±1.26
p__Halobacteriota 0.21±1.41 0.02±0.05 0.31±1.75
p__Planctomycetota 0.17±1.16 0±0 0.26±1.44
p__Thermoproteota 0.15±0.55 0.06±0.25 0.2±0.65
p__Nanoarchaeota 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
p__Spirochaetota 0.07±0.31 0.13±0.43 0.04±0.22
p__Campylobacterota 0.06±0.3 0.04±0.13 0.08±0.36
p__Methanobacteriota 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
p__Actinomycetota 0.04±0.2 0±0 0.06±0.24
p__Fibrobacterota 0.04±0.35 0±0 0.06±0.43
p__ 0.04±0.29 0±0 0.05±0.36
p__Chlamydiota 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
p__Desulfobacterota_G 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
p__J088 0.02±0.11 0±0 0.03±0.14
p__Iainarchaeota 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
p__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.14
p__Omnitrophota 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
phylum_summary %>%
  filter(phylum %in% phylum_arrange) %>%
  mutate(phylum=factor(phylum,levels=rev(phylum_arrange))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=phylum, group=phylum, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
  geom_jitter(alpha=0.5, show.legend = FALSE) + 
  facet_grid(.~season)+
  theme_minimal() + 
  labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.3 Family relative abundances

family_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  left_join(., genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  group_by(sample,family, type, region, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count))

family_arrange <- family_summary %>%
    group_by(family) %>%
    summarise(mean=sum(relabun)) %>%
    arrange(-mean) %>%
    select(family) %>%
    pull()

family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors) +
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.3.1 Per pond

family_summary %>%
    group_by(family) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(family,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_ysupt72lc3pe8rrbsv33
family total natural protected urban
f__Rikenellaceae 19.24±15.88 21.56±16 16.39±18.36 18.8±11.83
f__Bacteroidaceae 17.76±15.59 13.58±15.39 24.32±16.86 16.77±11.57
f__Tannerellaceae 8.3±7.4 5.02±6.44 11.2±8.17 10.33±5.71
f__Lachnospiraceae 4.6±4.74 2.96±3.69 6.66±6.02 4.87±3.47
f__Mycoplasmoidaceae 4.22±6.93 5.61±8.92 2.78±4.29 3.63±5.26
f__Aeromonadaceae 4.15±10.69 3.35±9.89 4.22±9.85 5.47±13.15
f__Ruminococcaceae 4.08±3.91 4.28±4.41 3.9±3.98 3.97±2.91
f__Marinifilaceae 3±3.32 1.91±2.49 3.93±4.15 3.73±2.97
f__Akkermansiaceae 2.9±4.04 2.81±3.77 2.97±4.33 2.97±4.31
f__Enterobacteriaceae 2.67±6.28 2.28±5.65 3.73±8.03 2.03±4.75
f__ 2.22±2.48 2.37±2.89 2.02±2.22 2.21±2.06
f__Clostridiaceae 2.14±3.23 1.67±1.76 2.37±5 2.65±2.24
f__Desulfovibrionaceae 1.73±1.88 1.49±1.68 1.51±1.92 2.44±2.03
f__Chlorobiaceae 1.52±9.28 3.48±13.92 0±0 0.02±0.07
f__Chromatiaceae 1.33±5.58 2.36±7.66 0.76±4.07 0.27±0.66
f__Butyricicoccaceae 1.32±5.64 0.44±0.85 3.28±9.8 0.39±0.86
f__Erysipelotrichaceae 1.25±2.02 1.62±2.77 0.87±1.09 1.08±1.15
f__Diplorickettsiaceae 0.99±8.81 2.21±13.36 0.03±0.11 0.08±0.25
f__Cellulosilyticaceae 0.69±1.35 0.42±0.72 0.34±0.73 1.59±2.2
f__FACHB-T130 0.68±6.41 1.57±9.72 0±0 0±0
f__CAG-239 0.64±1.08 0.33±0.46 0.89±1.55 0.86±1.04
f__VadinHA17 0.55±1.87 0.99±2.41 0±0 0.48±1.85
f__Methylococcaceae 0.55±3.81 1.26±5.75 0±0 0±0
f__Fusobacteriaceae 0.52±1.23 0.26±0.51 0.45±1.36 1.05±1.74
f__Polyangiaceae 0.5±4.84 0±0 0±0 2.02±9.68
f__EnvOPS12 0.47±1.77 0.71±1.82 0.09±0.48 0.53±2.55
f__Oscillospiraceae 0.41±0.45 0.28±0.36 0.6±0.56 0.4±0.34
f__Rhodocyclaceae 0.41±2.05 0.88±3.06 0±0 0.09±0.2
f__Gastranaerophilaceae 0.39±0.67 0.3±0.62 0.31±0.56 0.64±0.81
f__Anaerovoracaceae 0.37±0.46 0.39±0.54 0.25±0.32 0.48±0.44
f__Pumilibacteraceae 0.34±1.11 0.57±1.61 0.15±0.22 0.2±0.5
f__P3 0.34±0.64 0.36±0.53 0.27±0.67 0.39±0.78
f__UBA1997 0.34±0.81 0.32±0.72 0.1±0.3 0.67±1.2
f__Mucispirillaceae 0.31±0.9 0.52±1.33 0.12±0.21 0.17±0.24
f__CAIVKH01 0.3±2.01 0.69±3.03 0±0 0±0
f__UBA3637 0.3±0.65 0.18±0.52 0.36±0.74 0.45±0.74
f__UBA11358 0.28±1.11 0.65±1.62 0±0 0±0
f__Peptostreptococcaceae 0.26±0.66 0.3±0.51 0.33±1 0.1±0.17
f__Burkholderiaceae_B 0.26±1.3 0.3±1.53 0±0 0.52±1.65
f__Methylomonadaceae 0.25±1.68 0.57±2.53 0±0.01 0±0
f__Competibacteraceae 0.25±2.33 0.01±0.05 0.77±4.15 0.01±0.04
f__Chitinophagaceae 0.25±1.22 0.57±1.81 0±0 0.01±0.03
f__Peptococcaceae 0.24±0.36 0.08±0.22 0.32±0.31 0.43±0.48
f__CHK158-818 0.23±0.4 0.13±0.3 0.18±0.26 0.47±0.58
f__Muribaculaceae 0.22±0.37 0.31±0.45 0.1±0.22 0.23±0.32
f__SHND01 0.21±1.4 0.48±2.1 0±0 0±0
f__Chromobacteriaceae 0.2±1.39 0.44±2.1 0±0 0.04±0.12
f__Smithellaceae 0.19±1.78 0±0 0±0 0.78±3.55
f__Chloroflexaceae 0.19±1.8 0±0 0.6±3.21 0±0
f__UBA6186 0.17±1.46 0±0 0.51±2.59 0.03±0.12
f__Pseudopelobacteraceae 0.17±0.98 0.38±1.46 0±0 0±0
f__Microcystaceae_B 0.17±1.54 0.01±0.05 0.51±2.74 0±0
f__Saprospiraceae 0.16±0.89 0.37±1.33 0±0 0±0
f__Succinispiraceae 0.14±0.24 0.17±0.27 0.04±0.11 0.22±0.26
f__Anaerotignaceae 0.14±0.24 0.12±0.26 0.14±0.21 0.18±0.22
f__Prolixibacteraceae 0.14±0.71 0.16±0.5 0±0 0.26±1.26
f__Palsa-965 0.13±0.89 0.3±1.33 0±0 0±0
f__UBA4823 0.13±1.22 0±0 0±0 0.51±2.44
f__Opitutaceae 0.13±1.2 0±0 0±0 0.5±2.41
f__Microcoleaceae 0.12±0.81 0.09±0.48 0.26±1.33 0±0
f__UBA3700 0.12±0.44 0.08±0.21 0.19±0.71 0.11±0.24
f__B-1AR 0.12±0.81 0.1±0.56 0±0 0.3±1.44
f__Massilibacillaceae 0.12±0.56 0±0 0.34±0.97 0.04±0.16
f__UBA5066 0.11±0.78 0.26±1.17 0±0 0±0
f__HGW-15 0.1±0.78 0±0 0±0 0.41±1.55
f__UBA5704 0.1±0.96 0.23±1.45 0±0 0±0
f__Planctomycetaceae 0.1±0.94 0.23±1.43 0±0 0±0
f__Methanoregulaceae 0.09±0.74 0.03±0.19 0±0 0.3±1.45
f__Staskawiczbacteraceae 0.09±0.77 0.2±1.17 0±0 0±0
f__B-17BO 0.08±0.54 0.19±0.82 0±0 0±0
f__CAG-465 0.07±0.36 0±0 0.17±0.59 0.09±0.25
f__Paludibacteraceae 0.07±0.56 0.04±0.25 0±0 0.23±1.07
f__GW2011-AR1 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
f__UBA10030 0.07±0.42 0.17±0.62 0±0 0±0
f__Methanotrichaceae 0.07±0.68 0±0 0±0 0.29±1.35
f__UBA932 0.07±0.19 0.03±0.11 0.08±0.23 0.13±0.24
f__Ignavibacteriaceae 0.07±0.58 0.16±0.88 0±0 0±0
f__Acutalibacteraceae 0.07±0.39 0.13±0.58 0.03±0.13 0±0
f__CAIRTM01 0.06±0.39 0.15±0.59 0±0 0±0
f__OLB5 0.06±0.35 0.14±0.52 0±0 0±0
f__Beijerinckiaceae 0.06±0.28 0.14±0.42 0±0 0±0
f__Victivallaceae 0.06±0.28 0.02±0.06 0±0 0.2±0.54
f__UBA4417 0.06±0.33 0.13±0.5 0±0 0±0
f__Methylophilaceae 0.06±0.29 0.11±0.43 0±0 0.03±0.08
f__UBA3830 0.06±0.15 0.04±0.08 0.02±0.08 0.13±0.26
f__UBA12108 0.05±0.43 0.12±0.65 0±0 0±0
f__TH1-2 0.05±0.31 0.11±0.47 0±0 0±0
f__Shewanellaceae 0.05±0.22 0.03±0.2 0.09±0.3 0.02±0.07
f__F082 0.05±0.37 0.11±0.57 0±0 0±0
f__Arcobacteraceae 0.05±0.28 0.1±0.43 0.01±0.03 0±0.01
f__WRBN01 0.04±0.26 0.01±0.04 0±0 0.17±0.51
f__Methanocorpusculaceae 0.04±0.16 0.06±0.2 0.04±0.18 0.03±0.06
f__Acidobacteriaceae 0.04±0.41 0±0 0±0 0.17±0.82
f__Hepatoplasmataceae 0.04±0.29 0.04±0.26 0±0 0.1±0.48
f__Methanobacteriaceae 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
f__UBA660 0.04±0.23 0.04±0.26 0.07±0.29 0±0.02
f__DYRC01 0.04±0.39 0±0 0±0 0.16±0.79
f__RUG14156 0.04±0.23 0.06±0.33 0±0 0.05±0.14
f__JADJPG01 0.04±0.27 0.09±0.41 0±0 0±0
f__SZUA-47 0.04±0.22 0.09±0.33 0±0 0±0
f__Pyrinomonadaceae 0.04±0.24 0.09±0.37 0±0 0±0
f__LL51 0.04±0.17 0.01±0.05 0.1±0.29 0±0
f__Pirellulaceae 0.04±0.29 0.08±0.44 0±0 0±0
f__FEN-979 0.04±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
f__UBA9973 0.03±0.15 0.05±0.18 0±0 0.04±0.18
f__Rhizobiaceae 0.03±0.15 0.07±0.22 0±0 0±0
f__SHXO01 0.03±0.14 0.07±0.21 0±0 0±0
f__Rhabdochlamydiaceae 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
f__2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0.06±0.33 0±0 0±0
f__Aestuariivirgaceae 0.03±0.11 0.06±0.17 0±0 0±0
f__Syntrophorhabdaceae 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
f__Sedimentibacteraceae 0.03±0.07 0.01±0.03 0.06±0.11 0.02±0.07
f__UBA2023 0.02±0.2 0.06±0.31 0±0 0±0
f__Coprobacillaceae 0.02±0.07 0.03±0.06 0.03±0.1 0±0.01
f__Spirosomaceae 0.02±0.12 0.03±0.15 0.03±0.11 0±0
f__UBA3375 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0.01±0.02
f__Sphingomonadaceae 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0±0
f__Thermoanaerobaculaceae 0.02±0.22 0±0 0±0 0.09±0.43
f__Fen-1058 0.02±0.2 0±0 0±0 0.09±0.39
f__DUVY01 0.02±0.06 0.02±0.05 0.03±0.08 0.02±0.06
f__UBA927 0.02±0.1 0.04±0.14 0±0 0.02±0.1
f__JAAUTT01 0.02±0.12 0.05±0.17 0±0 0±0
f__GWF2-50-10 0.02±0.13 0.05±0.2 0±0 0±0
f__UBA3254 0.02±0.13 0.04±0.2 0±0 0±0
f__GWA2-36-10 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
f__JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0±0 0.08±0.36
f__SG8-41 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
f__Crocinitomicaceae 0.02±0.12 0±0 0±0 0.07±0.24
f__Holophagaceae 0.02±0.18 0±0 0±0 0.07±0.35
f__Absconditicoccaceae 0.02±0.15 0.04±0.23 0±0 0±0
f__Rectinemataceae 0.02±0.17 0±0 0±0 0.07±0.34
f__Ilumatobacteraceae 0.02±0.12 0.04±0.18 0±0 0±0
f__UBA6016 0.02±0.11 0±0 0±0 0.07±0.21
f__Lutisporaceae 0.02±0.04 0.01±0.03 0.01±0.03 0.04±0.06
f__4484-276 0.02±0.1 0.04±0.16 0±0 0±0
f__Terrimicrobiaceae 0.02±0.06 0.03±0.09 0±0 0±0.02
f__UBA4778 0.02±0.09 0.02±0.08 0±0 0.03±0.14
f__Eubacteriaceae 0.02±0.05 0±0 0.02±0.04 0.04±0.09
f__SPBP01 0.01±0.09 0.03±0.13 0±0 0±0
f__Gemmataceae 0.01±0.14 0.03±0.21 0±0 0±0
f__UBA1568 0.01±0.1 0.03±0.16 0±0 0±0
f__XYD1-FULL-46-19 0.01±0.11 0.03±0.16 0±0 0±0
f__UBA920 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
f__CAG-508 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0.02 0.01±0.03
f__Steroidobacteraceae 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0
f__JAAZKV01 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
f__UBA5976 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0.02
f__Burkholderiaceae_A 0.01±0.09 0.03±0.14 0±0 0±0
f__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0±0 0.05±0.22
f__Brevinemataceae 0.01±0.07 0.01±0.06 0.02±0.09 0±0
f__Amoebophilaceae 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
f__Profunditerraquicolaceae 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
f__JAGOQP01 0.01±0.09 0±0 0±0 0.04±0.17
f__Mycoplasmataceae 0.01±0.06 0±0 0±0 0.04±0.11
f__Microbacteriaceae 0.01±0.06 0.02±0.08 0±0 0±0.01
f__UBA1709 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0 0±0
f__UBA1820 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02
f__Burkholderiaceae 0.01±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0.01
f__JAGQMS01 0.01±0.03 0.02±0.05 0±0 0±0
f__Tenuifilaceae 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__UBA5272 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__Flavobacteriaceae 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
f__Moraxellaceae 0±0.04 0±0 0.02±0.06 0±0
f__Zambryskibacteraceae 0±0.04 0.01±0.06 0±0 0±0
f__JAFDDL01 0±0.04 0±0 0±0 0.02±0.09
f__2-12-FULL-60-25 0±0.02 0.01±0.04 0±0 0±0
f__UBA12049 0±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0
f__PALSA-1337 0±0.02 0.01±0.03 0±0 0±0
f__CAIOMD01 0±0.01 0±0.02 0±0 0±0
family_arrange <- family_summary %>%
    group_by(family) %>%
    summarise(mean=sum(relabun)) %>%
    arrange(-mean) %>%
    dplyr::select(family) %>%
    pull()

family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors) +
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        facet_grid(.~type)+
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

# Per origin
# family_summary %>%
#     left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
# #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
#     filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
#     mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
#     filter(relabun > 0) %>%
#     ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
#         scale_color_manual(values=phylum_colors[-8]) +
#         geom_jitter(alpha=0.5) + 
#         facet_grid(.~region)+
#         theme_minimal() + 
#         labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.3.2 Per season

family_summary %>%
    group_by(family) %>% 
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(family,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_hb37dpfla3mfsnq7afmy
family total spring autumn
f__Rikenellaceae 19.24±15.88 21.24±11.62 18.17±17.74
f__Bacteroidaceae 17.76±15.59 12.4±8.63 20.62±17.65
f__Tannerellaceae 8.3±7.4 7.78±5.55 8.57±8.24
f__Lachnospiraceae 4.6±4.74 4.99±5.37 4.4±4.4
f__Mycoplasmoidaceae 4.22±6.93 4.36±4.98 4.15±7.82
f__Aeromonadaceae 4.15±10.69 4.36±9.73 4.04±11.25
f__Ruminococcaceae 4.08±3.91 6.17±4.42 2.97±3.11
f__Marinifilaceae 3±3.32 4.8±3.78 2.04±2.61
f__Akkermansiaceae 2.9±4.04 3.9±4.69 2.37±3.58
f__Enterobacteriaceae 2.67±6.28 3.18±7.34 2.4±5.69
f__ 2.22±2.48 2.83±2.55 1.89±2.4
f__Clostridiaceae 2.14±3.23 2.22±2.57 2.09±3.55
f__Desulfovibrionaceae 1.73±1.88 2.63±2.09 1.25±1.57
f__Chlorobiaceae 1.52±9.28 0±0 2.33±11.44
f__Chromatiaceae 1.33±5.58 2.04±6.47 0.95±5.07
f__Butyricicoccaceae 1.32±5.64 0.78±1.39 1.61±6.91
f__Erysipelotrichaceae 1.25±2.02 1.05±1.03 1.35±2.39
f__Diplorickettsiaceae 0.99±8.81 0±0 1.52±10.91
f__Cellulosilyticaceae 0.69±1.35 0.66±0.83 0.7±1.57
f__FACHB-T130 0.68±6.41 0±0 1.05±7.94
f__CAG-239 0.64±1.08 1.18±1.46 0.35±0.66
f__VadinHA17 0.55±1.87 0.03±0.17 0.83±2.27
f__Methylococcaceae 0.55±3.81 1.35±6.41 0.12±0.59
f__Fusobacteriaceae 0.52±1.23 0.31±0.53 0.62±1.47
f__Polyangiaceae 0.5±4.84 0±0 0.77±6
f__EnvOPS12 0.47±1.77 0.08±0.46 0.67±2.14
f__Oscillospiraceae 0.41±0.45 0.59±0.47 0.32±0.41
f__Rhodocyclaceae 0.41±2.05 0.15±0.63 0.54±2.5
f__Gastranaerophilaceae 0.39±0.67 0.49±0.65 0.33±0.67
f__Anaerovoracaceae 0.37±0.46 0.45±0.49 0.32±0.44
f__Pumilibacteraceae 0.34±1.11 0.64±1.77 0.19±0.4
f__P3 0.34±0.64 0.51±0.7 0.25±0.59
f__UBA1997 0.34±0.81 0.31±0.64 0.35±0.89
f__Mucispirillaceae 0.31±0.9 0.21±0.23 0.36±1.11
f__CAIVKH01 0.3±2.01 0±0 0.46±2.48
f__UBA3637 0.3±0.65 0.68±0.92 0.1±0.32
f__UBA11358 0.28±1.11 0.22±0.86 0.32±1.23
f__Peptostreptococcaceae 0.26±0.66 0.38±0.67 0.2±0.65
f__Burkholderiaceae_B 0.26±1.3 0.01±0.05 0.39±1.6
f__Methylomonadaceae 0.25±1.68 0±0 0.38±2.07
f__Competibacteraceae 0.25±2.33 0.71±3.95 0±0
f__Chitinophagaceae 0.25±1.22 0±0 0.38±1.49
f__Peptococcaceae 0.24±0.36 0.29±0.34 0.22±0.37
f__CHK158-818 0.23±0.4 0.39±0.55 0.14±0.26
f__Muribaculaceae 0.22±0.37 0.46±0.48 0.1±0.21
f__SHND01 0.21±1.4 0.48±2.27 0.06±0.48
f__Chromobacteriaceae 0.2±1.39 0.58±2.34 0±0
f__Smithellaceae 0.19±1.78 0±0 0.3±2.2
f__Chloroflexaceae 0.19±1.8 0.54±3.06 0±0.01
f__UBA6186 0.17±1.46 0.46±2.47 0.01±0.08
f__Pseudopelobacteraceae 0.17±0.98 0±0 0.25±1.2
f__Microcystaceae_B 0.17±1.54 0.46±2.6 0.01±0.04
f__Saprospiraceae 0.16±0.89 0±0 0.25±1.09
f__Succinispiraceae 0.14±0.24 0.12±0.17 0.15±0.27
f__Anaerotignaceae 0.14±0.24 0.15±0.23 0.13±0.24
f__Prolixibacteraceae 0.14±0.71 0±0 0.21±0.87
f__Palsa-965 0.13±0.89 0±0 0.2±1.09
f__UBA4823 0.13±1.22 0±0 0.19±1.51
f__Opitutaceae 0.13±1.2 0±0 0.19±1.49
f__Microcoleaceae 0.12±0.81 0.35±1.35 0±0.01
f__UBA3700 0.12±0.44 0.21±0.68 0.07±0.2
f__B-1AR 0.12±0.81 0±0 0.18±0.99
f__Massilibacillaceae 0.12±0.56 0.16±0.78 0.09±0.42
f__UBA5066 0.11±0.78 0.3±1.3 0.02±0.13
f__HGW-15 0.1±0.78 0±0 0.16±0.96
f__UBA5704 0.1±0.96 0±0 0.15±1.19
f__Planctomycetaceae 0.1±0.94 0±0 0.15±1.17
f__Methanoregulaceae 0.09±0.74 0±0 0.14±0.91
f__Staskawiczbacteraceae 0.09±0.77 0±0 0.13±0.95
f__B-17BO 0.08±0.54 0±0 0.13±0.67
f__CAG-465 0.07±0.36 0.19±0.58 0.01±0.07
f__Paludibacteraceae 0.07±0.56 0±0 0.11±0.69
f__GW2011-AR1 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
f__UBA10030 0.07±0.42 0±0 0.11±0.51
f__Methanotrichaceae 0.07±0.68 0±0 0.11±0.84
f__UBA932 0.07±0.19 0.12±0.24 0.04±0.16
f__Ignavibacteriaceae 0.07±0.58 0.02±0.12 0.09±0.72
f__Acutalibacteraceae 0.07±0.39 0.07±0.19 0.06±0.47
f__CAIRTM01 0.06±0.39 0.08±0.37 0.06±0.41
f__OLB5 0.06±0.35 0±0 0.1±0.43
f__Beijerinckiaceae 0.06±0.28 0±0 0.1±0.35
f__Victivallaceae 0.06±0.28 0.02±0.07 0.08±0.34
f__UBA4417 0.06±0.33 0.02±0.11 0.07±0.41
f__Methylophilaceae 0.06±0.29 0±0 0.09±0.35
f__UBA3830 0.06±0.15 0.06±0.13 0.06±0.16
f__UBA12108 0.05±0.43 0±0 0.08±0.53
f__TH1-2 0.05±0.31 0±0 0.08±0.38
f__Shewanellaceae 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
f__F082 0.05±0.37 0.03±0.11 0.06±0.46
f__Arcobacteraceae 0.05±0.28 0.04±0.13 0.05±0.34
f__WRBN01 0.04±0.26 0.12±0.43 0±0.03
f__Methanocorpusculaceae 0.04±0.16 0.02±0.05 0.06±0.2
f__Acidobacteriaceae 0.04±0.41 0±0 0.07±0.51
f__Hepatoplasmataceae 0.04±0.29 0±0 0.07±0.36
f__Methanobacteriaceae 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
f__UBA660 0.04±0.23 0.12±0.39 0±0.01
f__DYRC01 0.04±0.39 0±0 0.06±0.49
f__RUG14156 0.04±0.23 0.03±0.12 0.04±0.27
f__JADJPG01 0.04±0.27 0±0 0.06±0.33
f__SZUA-47 0.04±0.22 0±0 0.06±0.27
f__Pyrinomonadaceae 0.04±0.24 0.09±0.4 0.01±0.07
f__LL51 0.04±0.17 0.08±0.27 0.01±0.05
f__Pirellulaceae 0.04±0.29 0±0 0.06±0.36
f__FEN-979 0.04±0.21 0±0 0.06±0.25
f__UBA9973 0.03±0.15 0±0 0.05±0.19
f__Rhizobiaceae 0.03±0.15 0±0 0.05±0.18
f__SHXO01 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
f__Rhabdochlamydiaceae 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
f__2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0±0 0.04±0.27
f__Aestuariivirgaceae 0.03±0.11 0±0 0.04±0.14
f__Syntrophorhabdaceae 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
f__Sedimentibacteraceae 0.03±0.07 0.02±0.07 0.03±0.07
f__UBA2023 0.02±0.2 0±0 0.04±0.25
f__Coprobacillaceae 0.02±0.07 0.01±0.04 0.03±0.08
f__Spirosomaceae 0.02±0.12 0.02±0.1 0.03±0.13
f__UBA3375 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
f__Sphingomonadaceae 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
f__Thermoanaerobaculaceae 0.02±0.22 0±0 0.03±0.27
f__Fen-1058 0.02±0.2 0±0 0.03±0.24
f__DUVY01 0.02±0.06 0.01±0.05 0.03±0.07
f__UBA927 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
f__JAAUTT01 0.02±0.12 0±0 0.03±0.14
f__GWF2-50-10 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
f__UBA3254 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
f__GWA2-36-10 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
f__JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
f__SG8-41 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
f__Crocinitomicaceae 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
f__Holophagaceae 0.02±0.18 0±0 0.03±0.22
f__Absconditicoccaceae 0.02±0.15 0±0 0.03±0.19
f__Rectinemataceae 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
f__Ilumatobacteraceae 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
f__UBA6016 0.02±0.11 0±0 0.03±0.13
f__Lutisporaceae 0.02±0.04 0.03±0.05 0.01±0.03
f__4484-276 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
f__Terrimicrobiaceae 0.02±0.06 0±0.02 0.02±0.07
f__UBA4778 0.02±0.09 0.01±0.03 0.02±0.1
f__Eubacteriaceae 0.02±0.05 0.03±0.07 0.01±0.03
f__SPBP01 0.01±0.09 0±0 0.02±0.11
f__Gemmataceae 0.01±0.14 0±0 0.02±0.17
f__UBA1568 0.01±0.1 0±0 0.02±0.13
f__XYD1-FULL-46-19 0.01±0.11 0±0 0.02±0.13
f__UBA920 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
f__CAG-508 0.01±0.08 0.03±0.13 0±0.02
f__Steroidobacteraceae 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
f__JAAZKV01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
f__UBA5976 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
f__Burkholderiaceae_A 0.01±0.09 0.03±0.16 0±0
f__JAKLEM01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.14
f__Brevinemataceae 0.01±0.07 0.01±0.04 0.01±0.08
f__Amoebophilaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Profunditerraquicolaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__JAGOQP01 0.01±0.09 0±0 0.01±0.11
f__Mycoplasmataceae 0.01±0.06 0±0.01 0.01±0.07
f__Microbacteriaceae 0.01±0.06 0±0 0.01±0.07
f__UBA1709 0.01±0.08 0±0 0.01±0.1
f__UBA1820 0.01±0.02 0.01±0.02 0.01±0.02
f__Burkholderiaceae 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
f__JAGQMS01 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
f__Tenuifilaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__UBA5272 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Flavobacteriaceae 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
f__Moraxellaceae 0±0.04 0±0 0.01±0.04
f__Zambryskibacteraceae 0±0.04 0±0 0.01±0.05
f__JAFDDL01 0±0.04 0±0 0.01±0.05
f__2-12-FULL-60-25 0±0.02 0±0 0.01±0.03
f__UBA12049 0±0.03 0±0 0.01±0.04
f__PALSA-1337 0±0.02 0±0 0±0.02
f__CAIOMD01 0±0.01 0±0 0±0.02
family_summary %>%
    left_join(genome_metadata %>% dplyr::select(family,phylum) %>% unique(),by=join_by(family==family)) %>%
#    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
    filter(family %in% family_arrange[1:20]) %>%
    mutate(family=factor(family,levels=rev(family_arrange[1:20]))) %>%
    filter(relabun > 0) %>%
    ggplot(aes(x=relabun, y=family, group=family, color=phylum)) +
        scale_color_manual(values=phylum_colors) +#[-8]
        geom_jitter(alpha=0.5) + 
        facet_grid(.~season)+
        theme_minimal() + 
        labs(y="Family", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.4 Genus relative abundances

genus_summary <- genome_counts_filt %>%
  mutate_at(vars(-genome),~./sum(.)) %>% #apply TSS nornalisation
  pivot_longer(-genome, names_to = "sample", values_to = "count") %>% #reduce to minimum number of columns
  left_join(sample_metadata, by = join_by(sample == sample)) %>% #append sample metadata
  left_join(genome_metadata, by = join_by(genome == genome)) %>% #append genome metadata
  group_by(sample,phylum,genus, type, season) %>%
  summarise(relabun=sum(count)) %>%
  filter(genus != "g__") %>%
  mutate(genus= sub("^g__", "", genus))

5.4.1 Per pond

genus_summary %>%
    group_by(genus) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              natural_mean=mean(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              natural_sd=sd(relabun[type=="natural"]*100, na.rm=T),
              protected_mean=mean(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              protected_sd=sd(relabun[type=="protected"]*100, na.rm=T),
              urban_mean=mean(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T),
              urban_sd=sd(relabun[type=="urban"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           natural=str_c(round(natural_mean,2),"±",round(natural_sd,2)),
           protected=str_c(round(protected_mean,2),"±",round(protected_sd,2)),
           urban=str_c(round(urban_mean,2),"±",round(urban_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(genus,total,natural,protected,urban) %>% 
    tt()
tinytable_68kw7h5wt3ghmg59q8xu
genus total natural protected urban
Bacteroides 17.27±15.59 13.16±15.3 23.86±16.92 16.12±11.68
Mucinivorans 10.39±12.9 11.41±9.36 9.48±19.23 9.76±7.66
Parabacteroides 7.07±6.44 4.45±5.59 9.58±7.48 8.47±4.71
Aeromonas 4.15±10.69 3.35±9.89 4.22±9.85 5.47±13.15
Mycoplasma_L 3.78±6.81 5.42±8.83 2.17±4.18 2.96±4.7
Rikenella 2.79±5.08 3.21±5.27 2.46±4.91 2.48±5.12
JADFUS01 2.22±2.02 2.13±2.26 2.31±2.09 2.27±1.5
Odoribacter 1.87±2.46 1.12±1.88 2.74±3.29 2.1±1.73
Akkermansia 1.63±3.1 0.86±1.42 2.06±3.58 2.41±4.22
Clostridium 1.41±1.84 1.53±1.71 1.3±2.38 1.33±1.22
Chlorobaculum 1.26±7.85 2.88±11.79 0±0 0.01±0.04
UBA866 1.2±2.17 1.36±2.95 1.04±1.43 1.12±1.14
Parabacteroides_B 1.13±1.58 0.5±1.14 1.49±1.76 1.76±1.66
Aquirickettsiella 0.99±8.81 2.21±13.36 0.03±0.11 0.08±0.25
Hafnia 0.97±3.83 0.92±3.53 1.36±4.94 0.57±2.68
Buttiauxella 0.94±4.16 0.25±0.97 1.84±6.63 1.01±3.47
Mobilisporobacter 0.84±2.27 0.86±2.41 1.11±2.79 0.46±0.93
Thiodictyon 0.81±3.44 1.25±3.9 0.76±4.07 0.11±0.3
UMGS1251 0.77±1.13 0.26±0.59 1.04±1.48 1.29±1.02
Sarcina 0.73±1.94 0.14±0.53 1.07±2.89 1.32±1.83
Alistipes 0.68±0.97 1.03±1.24 0.28±0.47 0.58±0.65
FACHB-831 0.68±6.41 1.57±9.72 0±0 0±0
Hydrogenoanaerobacterium 0.66±1.76 0.89±2.49 0.45±0.81 0.53±0.89
Clostridium_Q 0.66±0.78 0.57±0.7 0.89±0.98 0.51±0.55
SZUA-378 0.57±1.52 0.09±0.28 1.57±2.41 0.13±0.26
Angelakisella 0.56±0.72 0.56±0.73 0.4±0.69 0.77±0.74
LD21 0.55±1.87 0.99±2.41 0±0 0.48±1.85
Malacoplasma 0.44±1.76 0.19±0.54 0.61±1.65 0.67±2.95
Tidjanibacter 0.41±0.75 0.51±0.85 0.34±0.79 0.34±0.49
Hungatella_A 0.4±0.64 0.29±0.56 0.42±0.68 0.57±0.71
OLB14 0.39±1.69 0.59±1.67 0±0 0.53±2.55
Budvicia 0.38±1.36 0.41±1.55 0.45±1.48 0.23±0.8
JAGNZR01 0.35±0.94 0.13±0.37 0.4±1.24 0.67±1.13
Anaerorhabdus 0.35±1.17 0.55±1.62 0.08±0.3 0.34±0.85
Anaerotruncus 0.31±0.48 0.27±0.47 0.35±0.56 0.35±0.41
OM05-12 0.3±0.5 0.27±0.37 0.28±0.63 0.39±0.5
CAIVKH01 0.3±2.01 0.69±3.03 0±0 0±0
Chlorobium 0.26±1.63 0.6±2.44 0±0 0.01±0.06
RXIV01 0.25±2.33 0.01±0.05 0.77±4.15 0.01±0.04
Gallalistipes 0.25±0.71 0.44±1.03 0.07±0.14 0.12±0.14
CAKVBE01 0.25±0.69 0.25±0.65 0.09±0.3 0.45±1.03
Dielma 0.23±0.36 0.15±0.32 0.26±0.36 0.34±0.39
HGM05232 0.22±0.37 0.31±0.45 0.1±0.22 0.23±0.32
SHND01 0.21±1.4 0.48±2.1 0±0 0±0
Avirikenella 0.2±0.64 0.33±0.91 0.1±0.3 0.12±0.3
UBA4132 0.2±1.49 0.47±2.25 0±0.01 0±0
Bilophila 0.2±0.32 0.25±0.36 0.14±0.29 0.2±0.3
Craterilacuibacter 0.2±1.39 0.43±2.1 0±0 0.04±0.12
Gallibacteroides 0.2±0.38 0.11±0.27 0.12±0.2 0.44±0.57
CAJGBR01 0.19±0.26 0.26±0.31 0.1±0.18 0.19±0.23
Chloroploca 0.19±1.8 0±0 0.6±3.21 0±0
Lamprocystis 0.18±0.88 0.35±1.3 0±0 0.12±0.28
FEN-1139 0.18±1.71 0±0 0±0 0.71±3.43
RUG14305 0.18±0.25 0.14±0.23 0.19±0.3 0.23±0.2
Alistipes_A 0.17±0.32 0.23±0.44 0.05±0.09 0.21±0.23
Smithella 0.17±1.55 0±0 0±0 0.68±3.09
UBA6186 0.17±1.46 0±0 0.51±2.59 0.03±0.12
Anaerovorax 0.17±0.32 0.22±0.38 0.04±0.13 0.23±0.33
Phocea 0.16±0.35 0.06±0.12 0.22±0.53 0.27±0.31
M3007 0.16±0.89 0.37±1.33 0±0 0±0
Romboutsia_D 0.16±0.34 0.26±0.39 0.09±0.36 0.07±0.15
Cetobacterium 0.16±0.45 0.12±0.31 0.04±0.15 0.38±0.74
JADLHS01 0.16±0.93 0.36±1.39 0±0 0±0
Scandinavium 0.15±0.85 0.23±1.23 0.04±0.19 0.14±0.49
Amedibacillus 0.15±0.43 0.2±0.54 0.14±0.41 0.06±0.15
JAGAJR01 0.14±0.29 0.15±0.29 0.12±0.26 0.17±0.31
Luteolibacter 0.14±0.53 0.32±0.78 0±0.01 0.02±0.07
GCA-2737665 0.13±0.89 0.3±1.33 0±0 0±0
Aminipila 0.13±0.18 0.13±0.2 0.13±0.18 0.13±0.15
CAIQJJ01 0.13±1.22 0±0 0±0 0.51±2.44
JADKHC01 0.13±1.2 0±0 0±0 0.5±2.41
JJ008 0.12±0.69 0.29±1.03 0±0 0±0
Intestinimonas 0.12±0.2 0.06±0.12 0.25±0.26 0.06±0.13
Citrobacter 0.12±1.12 0.28±1.69 0±0 0±0
Planktothrix 0.12±0.81 0.09±0.48 0.26±1.33 0±0
FEN-1279 0.12±0.81 0.1±0.56 0±0 0.3±1.44
Harryflintia 0.12±0.32 0.02±0.12 0.28±0.5 0.06±0.12
UBA5066 0.11±0.78 0.26±1.17 0±0 0±0
JACRCG01 0.11±0.7 0.26±1.05 0±0 0±0
Negativibacillus 0.11±0.35 0.03±0.19 0.21±0.51 0.13±0.3
Rhodoferax_C 0.11±0.86 0.25±1.3 0±0 0±0
CAIPUE01 0.11±0.28 0.13±0.35 0.09±0.24 0.09±0.19
WRKB01 0.11±0.21 0.05±0.11 0.12±0.24 0.19±0.28
Anaerotignum 0.1±0.23 0.12±0.26 0.04±0.15 0.16±0.23
Spyradomonas 0.1±0.3 0.06±0.24 0.03±0.11 0.25±0.47
TH-plancto1 0.1±0.94 0.23±1.43 0±0 0±0
Azonexus 0.09±0.43 0.17±0.63 0±0 0.07±0.2
Methanoregula 0.09±0.74 0.03±0.19 0±0 0.3±1.45
Pseudoflavonifractor 0.09±0.22 0.04±0.1 0.17±0.34 0.07±0.12
RGIG7389 0.08±0.15 0.04±0.1 0.1±0.18 0.12±0.16
UBA7488 0.08±0.28 0.03±0.15 0.13±0.42 0.11±0.21
UBA3961 0.08±0.37 0.18±0.55 0±0 0±0
RPPU01 0.08±0.75 0±0 0±0 0.31±1.5
RGIG5057 0.07±0.36 0±0 0.17±0.59 0.09±0.25
UMGS1202 0.07±0.14 0.04±0.08 0.1±0.16 0.11±0.18
CAIQQL01 0.07±0.65 0.17±0.99 0±0 0±0
Methanothrix 0.07±0.68 0±0 0±0 0.29±1.35
Egerieousia 0.07±0.19 0.03±0.11 0.08±0.23 0.13±0.24
UBA11358 0.07±0.35 0.16±0.52 0±0 0±0
IGN3 0.07±0.58 0.16±0.88 0±0 0±0
14-2 0.07±0.32 0.02±0.08 0.06±0.27 0.15±0.56
SKHV01 0.07±0.63 0±0 0±0 0.26±1.26
Butyribacter 0.06±0.61 0.15±0.93 0±0 0±0
CAIRTM01 0.06±0.39 0.15±0.59 0±0 0±0
OLB5 0.06±0.35 0.14±0.52 0±0 0±0
Methylocystis 0.06±0.28 0.14±0.42 0±0 0±0
Robinsoniella 0.06±0.21 0.02±0.08 0.13±0.31 0.05±0.19
UBA2475 0.06±0.39 0.14±0.58 0±0 0±0
JABFSR01 0.06±0.31 0.13±0.46 0±0 0±0
Paludibacter 0.06±0.54 0±0 0±0 0.23±1.07
Ruthenibacterium 0.06±0.2 0.12±0.29 0.01±0.04 0±0.01
UBA12294 0.06±0.31 0.07±0.25 0.09±0.48 0±0
Edwardsiella 0.05±0.17 0.1±0.24 0±0 0.04±0.12
CAJAUT01 0.05±0.43 0.12±0.65 0±0 0±0
JAKAJH01 0.05±0.39 0.12±0.59 0±0 0±0
CAIPTY01 0.05±0.28 0.12±0.43 0±0 0±0
Romboutsia_A 0.05±0.26 0.02±0.08 0.12±0.44 0.01±0.04
Bacteroides_G 0.05±0.25 0.12±0.37 0±0 0±0
Novimethylophilus 0.05±0.29 0.11±0.43 0±0 0±0
Vitreimonas 0.05±0.31 0.11±0.47 0±0 0±0
Shewanella 0.05±0.22 0.03±0.2 0.09±0.3 0.02±0.07
JAERTD01 0.05±0.37 0.11±0.57 0±0 0±0
JAGPHI01 0.05±0.25 0.11±0.38 0±0 0±0
Aliarcobacter 0.05±0.28 0.1±0.43 0.01±0.03 0±0.01
CAJLXD01 0.05±0.19 0.07±0.27 0.03±0.08 0.02±0.05
Methyloglobulus 0.05±0.22 0.1±0.32 0±0 0±0
JAHHUI01 0.04±0.26 0.01±0.04 0±0 0.17±0.51
Methanocorpusculum 0.04±0.16 0.06±0.2 0.04±0.18 0.03±0.06
Terracidiphilus 0.04±0.41 0±0 0±0 0.17±0.82
Methanobacterium_A 0.04±0.28 0.09±0.42 0±0 0.01±0.05
DYRC01 0.04±0.39 0±0 0±0 0.16±0.79
JAHHTP01 0.04±0.14 0.04±0.16 0.03±0.14 0.05±0.12
RGIG5270 0.04±0.22 0±0 0±0 0.16±0.42
Hylemonella 0.04±0.38 0±0 0±0 0.16±0.76
CALXSC01 0.04±0.22 0±0.03 0.01±0.02 0.14±0.42
Eubacterium_R 0.04±0.38 0.09±0.57 0±0 0±0
Scatenecus 0.04±0.15 0.04±0.18 0.02±0.09 0.06±0.16
Copranaerobaculum 0.04±0.16 0.04±0.2 0.04±0.11 0.04±0.13
RFTN01 0.04±0.22 0.09±0.33 0±0 0±0
JAEUNJ01 0.04±0.15 0.09±0.23 0±0 0±0
OLB17 0.04±0.24 0.09±0.37 0±0 0±0
Aureliella 0.04±0.29 0.08±0.44 0±0 0±0
FEN-979 0.04±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
Draconibacterium 0.04±0.16 0.08±0.23 0±0 0±0
UBA6024 0.03±0.21 0.08±0.31 0±0 0±0
Hespellia 0.03±0.19 0.05±0.28 0.01±0.05 0.03±0.06
Evtepia 0.03±0.06 0.03±0.06 0.05±0.07 0.02±0.04
Ferruginibacter 0.03±0.15 0.07±0.22 0±0 0.01±0.03
JAJBUQ01 0.03±0.06 0.02±0.05 0.02±0.06 0.07±0.09
Anaerobium 0.03±0.1 0.01±0.04 0.08±0.16 0±0
SHXO01 0.03±0.14 0.07±0.21 0±0 0±0
Bacilliculturomica 0.03±0.06 0.02±0.06 0.03±0.06 0.04±0.08
PALSA-1444 0.03±0.14 0.06±0.21 0±0 0±0
MGBC133411 0.03±0.16 0±0.01 0.06±0.28 0.02±0.06
2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0.06±0.33 0±0 0±0
Aestuariivirga 0.03±0.11 0.06±0.17 0±0 0±0
Syntrophorhabdus 0.03±0.2 0.01±0.08 0±0 0.08±0.39
Limnohabitans 0.03±0.16 0.04±0.23 0±0 0.03±0.09
JAAYQI01 0.03±0.1 0±0 0.07±0.16 0.02±0.06
IOR16 0.03±0.05 0.02±0.06 0.03±0.05 0.03±0.05
Coprobacillus 0.02±0.07 0.03±0.06 0.03±0.1 0±0.01
UBA5026 0.02±0.16 0±0 0.07±0.29 0±0.02
Massilioclostridium 0.02±0.08 0.05±0.11 0±0 0±0.02
JAFGIC01 0.02±0.23 0±0 0±0 0.1±0.46
CALURL01 0.02±0.1 0.02±0.09 0.04±0.13 0.01±0.03
AM-1111 0.02±0.16 0.05±0.23 0±0 0±0
Leadbetterella 0.02±0.12 0.03±0.15 0.03±0.11 0±0
Sulfuritalea 0.02±0.13 0.05±0.19 0±0 0±0
Aquisediminimonas 0.02±0.11 0.05±0.16 0±0 0±0
JAGOBP01 0.02±0.2 0±0 0±0 0.09±0.39
UBA8515 0.02±0.12 0.05±0.18 0±0 0±0
CHH4-2 0.02±0.06 0.01±0.05 0.04±0.07 0.02±0.05
GWF2-50-10 0.02±0.13 0.05±0.2 0±0 0±0
JAGOMW01 0.02±0.18 0.05±0.28 0±0 0±0
Merdenecus 0.02±0.08 0±0.02 0.06±0.14 0.01±0.03
UBA5195 0.02±0.12 0.05±0.18 0±0 0±0
Avimicrobium 0.02±0.04 0.01±0.02 0.02±0.03 0.05±0.05
UBA4417 0.02±0.19 0.05±0.29 0±0 0±0
JACRFF01 0.02±0.1 0.05±0.15 0±0 0±0
UBA3254 0.02±0.13 0.04±0.2 0±0 0±0
Plesiomonas 0.02±0.19 0.04±0.28 0±0 0±0
GWA2-36-10 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
Serratia_A 0.02±0.11 0.02±0.06 0.04±0.19 0±0
JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0±0 0.08±0.36
RGIG4140 0.02±0.12 0±0 0.03±0.16 0.04±0.18
UBA1794 0.02±0.08 0.01±0.03 0±0 0.07±0.15
PALSA-1004 0.02±0.15 0.04±0.22 0±0 0±0
WRDF01 0.02±0.05 0.01±0.04 0±0.01 0.06±0.09
M0103 0.02±0.12 0±0 0±0 0.07±0.24
Holophaga 0.02±0.18 0±0 0±0 0.07±0.35
MGBC102946 0.02±0.17 0.04±0.26 0±0 0±0
Hepatoplasma 0.02±0.17 0.04±0.26 0±0 0±0
UBA1306 0.02±0.17 0±0 0±0 0.07±0.34
UBA668 0.02±0.12 0.04±0.18 0±0 0±0
JAFGVL01 0.02±0.16 0.04±0.25 0±0 0±0
CAJATL01 0.02±0.1 0.04±0.16 0±0 0±0
Fluviibacter 0.02±0.05 0.03±0.07 0±0 0.02±0.05
CAJBLF01 0.02±0.15 0.04±0.23 0±0 0±0
UBA2192 0.02±0.09 0.02±0.08 0±0 0.03±0.14
Lacibacter 0.01±0.13 0.03±0.2 0±0 0±0
Massiliimalia 0.01±0.06 0.03±0.09 0±0 0±0
CAZU01 0.01±0.07 0±0 0.02±0.09 0.03±0.09
RGDT01 0.01±0.14 0.03±0.21 0±0 0±0
SSEF01 0.01±0.1 0.03±0.16 0±0 0±0
JAKJEI01 0.01±0.11 0.03±0.16 0±0 0±0
Intestinibacillus 0.01±0.05 0.02±0.05 0.01±0.02 0.02±0.06
RGIG8482 0.01±0.08 0.02±0.12 0±0.02 0.01±0.03
CADEED01 0.01±0.08 0.03±0.11 0±0 0±0
JAAZKV01 0.01±0.1 0.03±0.15 0±0 0±0
Morganella 0.01±0.09 0.02±0.13 0.01±0.05 0±0
JAEZVV01 0.01±0.09 0.03±0.14 0±0 0±0
HGM16780 0.01±0.05 0.01±0.03 0.02±0.07 0.01±0.03
JAJQEJ01 0.01±0.04 0±0.01 0.01±0.03 0.02±0.06
JAAYCI01 0.01±0.04 0.02±0.06 0±0 0±0.01
UBA9973 0.01±0.09 0±0 0±0 0.04±0.18
Cardinium 0.01±0.05 0.02±0.07 0±0 0±0
Rahnella 0.01±0.06 0±0 0±0 0.03±0.12
Brevinema 0.01±0.06 0.01±0.04 0.02±0.09 0±0
Polynucleobacter 0.01±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0.01
JAGQMS01 0.01±0.03 0.02±0.05 0±0 0±0
Methylopumilus_A 0.01±0.04 0±0 0±0 0.03±0.08
UBA8529 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
UBA11704 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
Lumbricidophila 0.01±0.05 0.01±0.08 0±0 0±0
Flavobacterium 0.01±0.05 0.01±0.07 0±0 0±0
UBA10108 0.01±0.05 0±0 0±0 0.02±0.1
Rhodoferax 0±0.03 0±0 0±0 0.02±0.07
Acinetobacter 0±0.04 0±0 0.02±0.06 0±0
C7867-006 0±0.04 0.01±0.06 0±0 0±0
MWCR01 0±0.02 0.01±0.04 0±0 0±0
2-01-FULL-39-10-A 0±0.03 0.01±0.04 0±0 0±0
Aurantimicrobium 0±0.01 0.01±0.02 0±0 0±0.01
Cetobacterium_A 0±0.02 0±0 0.01±0.03 0±0
JACRJP01 0±0.02 0.01±0.03 0±0 0±0
Vogesella 0±0.01 0±0.02 0±0 0±0
genus_summary %>%
  #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
  mutate(genus=factor(genus, levels=rev(genus_summary_sort %>% pull(genus)))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=genus, group=genus, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors) +
  geom_jitter(alpha=0.5) + 
  facet_grid(.~type)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text = element_text(size=6),
    )+
        labs(y="Genus", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.4.2 Per season

genus_summary %>%
    group_by(genus) %>%
    summarise(total_mean=mean(relabun*100, na.rm=T),
              total_sd=sd(relabun*100, na.rm=T),
              spring_mean=mean(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              spring_sd=sd(relabun[season=="spring"]*100, na.rm=T),
              autumn_mean=mean(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T),
              autumn_sd=sd(relabun[season=="autumn"]*100, na.rm=T))  %>%
    mutate(total=str_c(round(total_mean,2),"±",round(total_sd,2)),
           spring=str_c(round(spring_mean,2),"±",round(spring_sd,2)),
           autumn=str_c(round(autumn_mean,2),"±",round(autumn_sd,2))) %>% 
    arrange(-total_mean) %>% 
    dplyr::select(genus,total,spring,autumn) %>% 
    tt()
tinytable_zsl2ydlujpbe2oqh8qca
genus total spring autumn
Bacteroides 17.27±15.59 11.72±8.32 20.24±17.69
Mucinivorans 10.39±12.9 9.74±6.68 10.74±15.26
Parabacteroides 7.07±6.44 6.62±4.73 7.31±7.22
Aeromonas 4.15±10.69 4.36±9.73 4.04±11.25
Mycoplasma_L 3.78±6.81 4.07±4.75 3.63±7.72
Rikenella 2.79±5.08 4.08±5.83 2.11±4.53
JADFUS01 2.22±2.02 2.31±1.62 2.18±2.22
Odoribacter 1.87±2.46 3±2.79 1.27±2.05
Akkermansia 1.63±3.1 3.23±4.43 0.77±1.54
Clostridium 1.41±1.84 1.64±1.83 1.28±1.85
Chlorobaculum 1.26±7.85 0±0 1.93±9.68
UBA866 1.2±2.17 2.2±3.23 0.66±0.96
Parabacteroides_B 1.13±1.58 1.06±1.18 1.16±1.77
Aquirickettsiella 0.99±8.81 0±0 1.52±10.91
Hafnia 0.97±3.83 2.28±5.92 0.27±1.67
Buttiauxella 0.94±4.16 0.09±0.43 1.4±5.1
Mobilisporobacter 0.84±2.27 0.72±1.45 0.9±2.61
Thiodictyon 0.81±3.44 1.64±5.45 0.37±1.44
UMGS1251 0.77±1.13 0.66±0.83 0.82±1.27
Sarcina 0.73±1.94 0.57±1.25 0.81±2.23
Alistipes 0.68±0.97 1.02±0.84 0.5±0.99
FACHB-831 0.68±6.41 0±0 1.05±7.94
Hydrogenoanaerobacterium 0.66±1.76 0.82±1.04 0.58±2.05
Clostridium_Q 0.66±0.78 0.66±0.88 0.65±0.73
SZUA-378 0.57±1.52 1.04±2.3 0.31±0.76
Angelakisella 0.56±0.72 0.83±0.84 0.41±0.61
LD21 0.55±1.87 0.03±0.17 0.83±2.27
Malacoplasma 0.44±1.76 0.29±0.73 0.52±2.12
Tidjanibacter 0.41±0.75 0.31±0.35 0.47±0.89
Hungatella_A 0.4±0.64 0.28±0.61 0.46±0.65
OLB14 0.39±1.69 0±0 0.6±2.06
Budvicia 0.38±1.36 0.27±1.15 0.43±1.47
JAGNZR01 0.35±0.94 0.17±0.38 0.45±1.13
Anaerorhabdus 0.35±1.17 0.37±0.67 0.34±1.37
Anaerotruncus 0.31±0.48 0.25±0.33 0.35±0.55
OM05-12 0.3±0.5 0.4±0.57 0.25±0.45
CAIVKH01 0.3±2.01 0±0 0.46±2.48
Chlorobium 0.26±1.63 0±0 0.4±2.01
RXIV01 0.25±2.33 0.71±3.95 0±0
Gallalistipes 0.25±0.71 0.5±1.13 0.11±0.22
CAKVBE01 0.25±0.69 0.22±0.48 0.26±0.79
Dielma 0.23±0.36 0.29±0.4 0.2±0.33
HGM05232 0.22±0.37 0.46±0.48 0.1±0.21
SHND01 0.21±1.4 0.48±2.27 0.06±0.48
Avirikenella 0.2±0.64 0.24±0.45 0.18±0.73
UBA4132 0.2±1.49 0±0 0.31±1.84
Bilophila 0.2±0.32 0.27±0.36 0.17±0.3
Craterilacuibacter 0.2±1.39 0.57±2.34 0±0
Gallibacteroides 0.2±0.38 0.37±0.53 0.11±0.21
CAJGBR01 0.19±0.26 0.28±0.22 0.15±0.27
Chloroploca 0.19±1.8 0.54±3.06 0±0.01
Lamprocystis 0.18±0.88 0.27±0.97 0.13±0.82
FEN-1139 0.18±1.71 0±0 0.27±2.12
RUG14305 0.18±0.25 0.23±0.29 0.15±0.22
Alistipes_A 0.17±0.32 0.25±0.46 0.13±0.21
Smithella 0.17±1.55 0±0 0.26±1.92
UBA6186 0.17±1.46 0.46±2.47 0.01±0.08
Anaerovorax 0.17±0.32 0.19±0.31 0.15±0.32
Phocea 0.16±0.35 0.33±0.52 0.07±0.18
M3007 0.16±0.89 0±0 0.25±1.09
Romboutsia_D 0.16±0.34 0.28±0.49 0.1±0.21
Cetobacterium 0.16±0.45 0.13±0.33 0.17±0.5
JADLHS01 0.16±0.93 0.22±0.86 0.13±0.97
Scandinavium 0.15±0.85 0.06±0.36 0.19±1.02
Amedibacillus 0.15±0.43 0.03±0.15 0.2±0.51
JAGAJR01 0.14±0.29 0.21±0.29 0.11±0.28
Luteolibacter 0.14±0.53 0±0 0.22±0.65
GCA-2737665 0.13±0.89 0±0 0.2±1.09
Aminipila 0.13±0.18 0.17±0.21 0.11±0.16
CAIQJJ01 0.13±1.22 0±0 0.19±1.51
JADKHC01 0.13±1.2 0±0 0.19±1.49
JJ008 0.12±0.69 0±0 0.19±0.85
Intestinimonas 0.12±0.2 0.11±0.19 0.13±0.2
Citrobacter 0.12±1.12 0.33±1.89 0.01±0.07
Planktothrix 0.12±0.81 0.35±1.35 0±0.01
FEN-1279 0.12±0.81 0±0 0.18±0.99
Harryflintia 0.12±0.32 0.08±0.15 0.13±0.38
UBA5066 0.11±0.78 0.3±1.3 0.02±0.13
JACRCG01 0.11±0.7 0±0 0.18±0.86
Negativibacillus 0.11±0.35 0.16±0.39 0.09±0.33
Rhodoferax_C 0.11±0.86 0.01±0.05 0.16±1.06
CAIPUE01 0.11±0.28 0.15±0.26 0.09±0.29
WRKB01 0.11±0.21 0.15±0.24 0.09±0.2
Anaerotignum 0.1±0.23 0.09±0.21 0.11±0.24
Spyradomonas 0.1±0.3 0.14±0.29 0.08±0.3
TH-plancto1 0.1±0.94 0±0 0.15±1.17
Azonexus 0.09±0.43 0.15±0.63 0.06±0.28
Methanoregula 0.09±0.74 0±0 0.14±0.91
Pseudoflavonifractor 0.09±0.22 0.09±0.23 0.09±0.21
RGIG7389 0.08±0.15 0.15±0.18 0.04±0.11
UBA7488 0.08±0.28 0.21±0.43 0.01±0.08
UBA3961 0.08±0.37 0±0 0.12±0.45
RPPU01 0.08±0.75 0±0 0.12±0.93
RGIG5057 0.07±0.36 0.19±0.58 0.01±0.07
UMGS1202 0.07±0.14 0.16±0.2 0.03±0.06
CAIQQL01 0.07±0.65 0±0 0.11±0.81
Methanothrix 0.07±0.68 0±0 0.11±0.84
Egerieousia 0.07±0.19 0.12±0.24 0.04±0.16
UBA11358 0.07±0.35 0±0 0.11±0.43
IGN3 0.07±0.58 0.02±0.12 0.09±0.72
14-2 0.07±0.32 0.15±0.53 0.02±0.08
SKHV01 0.07±0.63 0±0 0.1±0.78
Butyribacter 0.06±0.61 0±0 0.1±0.76
CAIRTM01 0.06±0.39 0.08±0.37 0.06±0.41
OLB5 0.06±0.35 0±0 0.1±0.43
Methylocystis 0.06±0.28 0±0 0.1±0.35
Robinsoniella 0.06±0.21 0.02±0.07 0.08±0.25
UBA2475 0.06±0.39 0±0 0.09±0.48
JABFSR01 0.06±0.31 0±0 0.09±0.38
Paludibacter 0.06±0.54 0±0 0.09±0.67
Ruthenibacterium 0.06±0.2 0.06±0.23 0.05±0.18
UBA12294 0.06±0.31 0.08±0.46 0.04±0.21
Edwardsiella 0.05±0.17 0.04±0.13 0.06±0.19
CAJAUT01 0.05±0.43 0±0 0.08±0.53
JAKAJH01 0.05±0.39 0±0 0.08±0.48
CAIPTY01 0.05±0.28 0±0 0.08±0.35
Romboutsia_A 0.05±0.26 0.05±0.12 0.05±0.31
Bacteroides_G 0.05±0.25 0.1±0.4 0.03±0.11
Novimethylophilus 0.05±0.29 0±0 0.08±0.35
Vitreimonas 0.05±0.31 0±0 0.08±0.38
Shewanella 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
JAERTD01 0.05±0.37 0.03±0.11 0.06±0.46
JAGPHI01 0.05±0.25 0.01±0.03 0.07±0.31
Aliarcobacter 0.05±0.28 0.04±0.13 0.05±0.34
CAJLXD01 0.05±0.19 0.06±0.12 0.04±0.22
Methyloglobulus 0.05±0.22 0±0 0.07±0.26
JAHHUI01 0.04±0.26 0.12±0.43 0±0.03
Methanocorpusculum 0.04±0.16 0.02±0.05 0.06±0.2
Terracidiphilus 0.04±0.41 0±0 0.07±0.51
Methanobacterium_A 0.04±0.28 0.03±0.11 0.05±0.34
DYRC01 0.04±0.39 0±0 0.06±0.49
JAHHTP01 0.04±0.14 0.08±0.19 0.02±0.1
RGIG5270 0.04±0.22 0±0.01 0.06±0.27
Hylemonella 0.04±0.38 0±0 0.06±0.47
CALXSC01 0.04±0.22 0.05±0.22 0.04±0.21
Eubacterium_R 0.04±0.38 0±0 0.06±0.47
Scatenecus 0.04±0.15 0.02±0.09 0.05±0.18
Copranaerobaculum 0.04±0.16 0.01±0.04 0.06±0.19
RFTN01 0.04±0.22 0±0 0.06±0.27
JAEUNJ01 0.04±0.15 0±0 0.06±0.19
OLB17 0.04±0.24 0.09±0.4 0.01±0.07
Aureliella 0.04±0.29 0±0 0.06±0.36
FEN-979 0.04±0.21 0±0 0.06±0.25
Draconibacterium 0.04±0.16 0±0 0.05±0.19
UBA6024 0.03±0.21 0±0 0.05±0.25
Hespellia 0.03±0.19 0.02±0.06 0.04±0.23
Evtepia 0.03±0.06 0.06±0.08 0.02±0.04
Ferruginibacter 0.03±0.15 0±0 0.05±0.18
JAJBUQ01 0.03±0.06 0.04±0.07 0.02±0.06
Anaerobium 0.03±0.1 0.01±0.03 0.04±0.12
SHXO01 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
Bacilliculturomica 0.03±0.06 0.04±0.08 0.02±0.05
PALSA-1444 0.03±0.14 0±0 0.04±0.18
MGBC133411 0.03±0.16 0.07±0.26 0±0.02
2-12-FULL-35-15 0.03±0.22 0±0 0.04±0.27
Aestuariivirga 0.03±0.11 0±0 0.04±0.14
Syntrophorhabdus 0.03±0.2 0±0 0.04±0.25
Limnohabitans 0.03±0.16 0±0 0.04±0.2
JAAYQI01 0.03±0.1 0.05±0.14 0.01±0.06
IOR16 0.03±0.05 0.03±0.05 0.02±0.06
Coprobacillus 0.02±0.07 0.01±0.04 0.03±0.08
UBA5026 0.02±0.16 0.07±0.27 0±0.01
Massilioclostridium 0.02±0.08 0±0.02 0.03±0.09
JAFGIC01 0.02±0.23 0±0 0.04±0.28
CALURL01 0.02±0.1 0.04±0.13 0.01±0.07
AM-1111 0.02±0.16 0±0 0.04±0.19
Leadbetterella 0.02±0.12 0.02±0.1 0.03±0.13
Sulfuritalea 0.02±0.13 0±0 0.04±0.16
Aquisediminimonas 0.02±0.11 0±0 0.04±0.13
JAGOBP01 0.02±0.2 0±0 0.03±0.24
UBA8515 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
CHH4-2 0.02±0.06 0.02±0.04 0.02±0.07
GWF2-50-10 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
JAGOMW01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
Merdenecus 0.02±0.08 0.02±0.04 0.02±0.1
UBA5195 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
Avimicrobium 0.02±0.04 0.03±0.05 0.02±0.03
UBA4417 0.02±0.19 0±0 0.03±0.24
JACRFF01 0.02±0.1 0±0 0.03±0.12
UBA3254 0.02±0.13 0±0 0.03±0.16
Plesiomonas 0.02±0.19 0.06±0.32 0±0
GWA2-36-10 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
Serratia_A 0.02±0.11 0.06±0.19 0±0
JAAYKM01 0.02±0.18 0±0 0.03±0.23
RGIG4140 0.02±0.12 0.03±0.15 0.02±0.11
UBA1794 0.02±0.08 0.04±0.13 0±0.02
PALSA-1004 0.02±0.15 0±0 0.03±0.18
WRDF01 0.02±0.05 0.01±0.04 0.02±0.06
M0103 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
Holophaga 0.02±0.18 0±0 0.03±0.22
MGBC102946 0.02±0.17 0.05±0.29 0±0
Hepatoplasma 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
UBA1306 0.02±0.17 0±0 0.03±0.21
UBA668 0.02±0.12 0±0 0.03±0.15
JAFGVL01 0.02±0.16 0±0 0.03±0.2
CAJATL01 0.02±0.1 0±0 0.03±0.13
Fluviibacter 0.02±0.05 0±0 0.02±0.06
CAJBLF01 0.02±0.15 0±0 0.02±0.18
UBA2192 0.02±0.09 0.01±0.03 0.02±0.1
Lacibacter 0.01±0.13 0±0 0.02±0.16
Massiliimalia 0.01±0.06 0±0.01 0.02±0.07
CAZU01 0.01±0.07 0.02±0.09 0.01±0.05
RGDT01 0.01±0.14 0±0 0.02±0.17
SSEF01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.13
JAKJEI01 0.01±0.11 0±0 0.02±0.13
Intestinibacillus 0.01±0.05 0±0.01 0.02±0.06
RGIG8482 0.01±0.08 0.03±0.13 0±0.02
CADEED01 0.01±0.08 0±0 0.02±0.09
JAAZKV01 0.01±0.1 0±0 0.02±0.12
Morganella 0.01±0.09 0±0 0.02±0.11
JAEZVV01 0.01±0.09 0.03±0.16 0±0
HGM16780 0.01±0.05 0.01±0.05 0.01±0.05
JAJQEJ01 0.01±0.04 0.03±0.06 0±0.01
JAAYCI01 0.01±0.04 0.01±0.04 0.01±0.04
UBA9973 0.01±0.09 0±0 0.01±0.11
Cardinium 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Rahnella 0.01±0.06 0±0 0.01±0.07
Brevinema 0.01±0.06 0.01±0.04 0.01±0.07
Polynucleobacter 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
JAGQMS01 0.01±0.03 0±0 0.01±0.04
Methylopumilus_A 0.01±0.04 0±0 0.01±0.05
UBA8529 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
UBA11704 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Lumbricidophila 0.01±0.05 0±0 0.01±0.07
Flavobacterium 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
UBA10108 0.01±0.05 0±0 0.01±0.06
Rhodoferax 0±0.03 0±0 0.01±0.04
Acinetobacter 0±0.04 0±0 0.01±0.04
C7867-006 0±0.04 0±0 0.01±0.05
MWCR01 0±0.02 0±0 0.01±0.03
2-01-FULL-39-10-A 0±0.03 0±0 0.01±0.04
Aurantimicrobium 0±0.01 0±0 0±0.02
Cetobacterium_A 0±0.02 0.01±0.03 0±0
JACRJP01 0±0.02 0±0 0±0.02
Vogesella 0±0.01 0±0.02 0±0
genus_summary_sort <- genus_summary %>%
    group_by(genus) %>%
    summarise(mean=mean(relabun, na.rm=T),sd=sd(relabun, na.rm=T)) %>%
    arrange(-mean) 
genus_summary %>%
  #    left_join(sample_metadata,by=join_by(sample==sample)) %>%
  mutate(genus=factor(genus, levels=rev(genus_summary_sort %>% pull(genus)))) %>%
  filter(relabun > 0) %>%
  ggplot(aes(x=relabun, y=genus, group=genus, color=phylum)) +
  scale_color_manual(values=phylum_colors) +
  geom_jitter(alpha=0.5) + 
  facet_grid(.~season)+
  theme_minimal() +
  theme(
    axis.text = element_text(size=6),
    )+
        labs(y="Genus", x="Relative abundance", color="Phylum")

5.5 Archaea

9

5.5.1 Diversity

     sample richness  neutral phylogenetic functional
1  EHI02583        2 1.996870     2.348233   1.279113
2  EHI02588        1 1.000000     1.000000   1.000000
3  EHI02643        1 1.000000     1.000000   1.000000
4  EHI02593        2 1.328193     1.409535   1.220665
5  EHI01585        1 1.000000     1.000000   1.000000
6  EHI02608        1 1.000000     1.000000   1.000000
7  EHI02611        1 1.000000     1.000000   1.000000
8  EHI02641        1 1.000000     1.000000   1.000000
9  EHI02571        2 1.139191     1.235919   1.081231
10 EHI02620        1 1.000000     1.000000   1.000000
11 EHI01449        1 1.000000     1.000000   1.000000
12 EHI02609        1 1.000000     1.000000   1.000000
13 EHI02572        3 2.112285     1.493212   1.293984
14 EHI01613        1 1.000000     1.000000   1.000000
15 EHI01618        1 1.000000     1.000000   1.000000
16 EHI01447        1 1.000000     1.000000   1.000000
17 EHI01627        1 1.000000     1.000000   1.000000
18 EHI02642        2 1.473791     1.756593   1.120537
19 EHI02646        4 2.604054     1.431005   1.596528
20 EHI02109        1 1.000000     1.000000   1.000000
21 EHI02579        1 1.000000     1.000000   1.000000
22 EHI02599        1 1.000000     1.000000   1.000000
23 EHI01628        1 1.000000     1.000000   1.000000
24 EHI01611        2 1.998461     1.563175   1.560517
25 EHI02637        1 1.000000     1.000000   1.000000
26 EHI01443        1 1.000000     1.000000   1.000000
27 EHI02638        3 1.730503     1.722158   1.387103
28 EHI02595        1 1.000000     1.000000   1.000000
29 EHI02574        1 1.000000     1.000000   1.000000
30 EHI02629        1 1.000000     1.000000   1.000000
31 EHI02631        1 1.000000     1.000000   1.000000
32 EHI02621        2 1.962914     1.943525   1.738397
33 EHI01442        2 1.989078     1.562265   1.554603
34 EHI02601        1 1.000000     1.000000   1.000000
35 EHI01438       NA       NA           NA   1.000000
36 EHI01612       NA       NA           NA   1.000000
37 EHI02095       NA       NA           NA   1.000000
38 EHI02596       NA       NA           NA   1.000000
39 EHI02635       NA       NA           NA   1.000000
40 EHI02104       NA       NA           NA   1.000000
41 EHI01631       NA       NA           NA   1.000000
42 EHI02597       NA       NA           NA   1.000000
43 EHI01450       NA       NA           NA   1.000000
44 EHI01610       NA       NA           NA   1.000000
45 EHI01436       NA       NA           NA   1.000000
46 EHI01437       NA       NA           NA   1.000000
47 EHI01440       NA       NA           NA   1.000000
48 EHI02586       NA       NA           NA   1.000000
49 EHI02628       NA       NA           NA   1.000000
50 EHI01451       NA       NA           NA   1.000000
51 EHI02591       NA       NA           NA   1.000000
52 EHI02581       NA       NA           NA   1.000000
53 EHI02115       NA       NA           NA   1.000000
54 EHI01619       NA       NA           NA   1.000000
55 EHI02610       NA       NA           NA   1.000000
56 EHI01439       NA       NA           NA   1.000000
57 EHI02128       NA       NA           NA   1.000000
58 EHI01617       NA       NA           NA   1.000000
59 EHI02626       NA       NA           NA   1.000000
60 EHI01620       NA       NA           NA   1.000000
61 EHI02606       NA       NA           NA   1.000000
62 EHI02604       NA       NA           NA   1.000000
63 EHI01444       NA       NA           NA   1.000000
64 EHI02085       NA       NA           NA   1.000000
65 EHI02616       NA       NA           NA   1.000000
66 EHI02594       NA       NA           NA   1.000000
67 EHI02613       NA       NA           NA   1.000000
68 EHI01625       NA       NA           NA   1.000000
69 EHI01448       NA       NA           NA   1.000000
70 EHI02589       NA       NA           NA   1.000000
71 EHI01623       NA       NA           NA   1.000000
72 EHI02634       NA       NA           NA   1.000000
73 EHI02640       NA       NA           NA   1.000000
74 EHI02636       NA       NA           NA   1.000000
75 EHI02578       NA       NA           NA   1.000000
76 EHI01616       NA       NA           NA   1.000000
77 EHI01584       NA       NA           NA   1.000000
78 EHI01445       NA       NA           NA   1.000000
79 EHI02622       NA       NA           NA   1.000000
80 EHI02614       NA       NA           NA   1.000000
81 EHI02580       NA       NA           NA   1.000000
82 EHI02627       NA       NA           NA   1.000000
83 EHI02618       NA       NA           NA   1.000000
84 EHI01441       NA       NA           NA   1.000000
85 EHI02605       NA       NA           NA   1.000000
86 EHI02573       NA       NA           NA   1.000000
87 EHI02577       NA       NA           NA   1.000000
88 EHI02576       NA       NA           NA   1.000000
89 EHI02623       NA       NA           NA   1.000000
90 EHI02600       NA       NA           NA   1.000000
91 EHI01621       NA       NA           NA   1.000000
92 EHI02575       NA       NA           NA   1.000000

5.5.1.1 Richness

5.5.1.2 Neutral

5.5.1.3 Phylogenetic